A CPI da Pandemia investigará supostas irregularidades em hospitais federais do Rio de Janeiro. Um dos focos da investigação é buscar conexões do senador Flávio Bolsonaro (Patriota) com a indicação de cargos para as unidades hospitalares e com organizações sociais que atuam na área. A ideia é apurar se diretores nomeados com o aval de Flávio cometeram irregularidades. Senadores da Comissão Parlamentar de Inquérito traçaram a linha de investigação sobre a Saúde do Rio após ouvir o ex-governador Wilson Witzel.
De acordo com reportagem do jornal O Globo, um ex-diretor do Ministério da Saúde e aliado do senador enviou em 2019 ofícios sugerindo trocas nas gestões dos hospitais e indicou um nome para comandar o Hospital Federal de Bonsucesso. Depois o governo de Jair Bolsonaro (Sem Partido) designou esse nome para uma cadeira na Agência Nacional de Vigilância Sanitária (Anvisa).
A CPI recebeu informações que indicaram uma suposta relação do senador com o empresário Edson Torres, que admitiu ter participado de esquemas de corrupção na Saúde do Rio.