Eduardo Bolsonaro foi nomeado, em 2003, para um cargo comissionado de 40 horas semanais na liderança do PTB, então o partido do seu pai Jair Bolsonaro, na Câmara dos Deputados. Entretanto, aos 18 anos, o terceiro filho de Bolsonaro acabara de ser aprovado para o curso de Direito da Universidade Federal do Rio de Janeiro (UFRJ).
Segundo a reportagem da BBC Brasil, Eduardo ocupou um cargo que pagava o equivalente a R$ 9,8 mil por mês, em valores atuais, enquanto estava a 1.333 km de distância do posto de trabalho. Apesar de a situação não ser configurada como nepotismo sob o ponto de vista legal à época, já que a lei sobre a questão não existia àquela altura, o filho de Bolsonaro ocupou a função de forma irregular, segundo as normas da Câmara dos Deputados.
O cargo só poderia ter sido preenchido por alguém que desse expediente no Congresso, já que esse tipo de cargo tem “por finalidade a prestação de serviços de assessoramento aos órgãos da Casa, em Brasília”, ou seja, sem a possibilidade que Eduardo trabalhasse remotamente, do Rio de Janeiro.
A limitação de tempo e espaço não impediu que Eduardo Bolsonaro passasse 16 meses como funcionário da Câmara, como o próprio pai admitiu em um debate, em 2005, justamente sobre nepotismo. “Já tive um filho empregado nesta Casa e não nego isso. É um garoto que atualmente está concluindo a Federal do Rio, uma faculdade, fala inglês fluentemente, é um excelente garoto. Agora, se ele fosse um imbecil, logicamente estaria preocupado com o nepotismo”, disse Jair Bolsonaro no debate em sessão da Comissão de Constituição e Justiça (CCJ) da Casa, segundo reportagem do arquivo do jornal O Globo.
Apesar do histórico na Câmara, Eduardo omitiu, em seu currículo público, alguma referência ao posto no PTB na seção “Atividades Profissionais e Cargos Públicos”.
Antes da nomeação no PTB, Eduardo foi nomeado em dezembro de 2002 para um cargo comissionado na liderança do PPB, atual PP, legenda à qual o pai era filiado à época. Porém, o mesmo posto fora ocupado seis meses antes pelo irmão mais velho, Flávio Bolsonaro.
Envolvido no caso das movimentações financeiras atípicas de seu ex-assessor Fabrício Queiroz, o senador eleito Flávio Bolsonaro (PSL) já foi funcionário fantasma da Câmara dos Deputados, entre 2000 e 2002. Aos 19 anos, ele acumulava três ocupações em duas cidades diferentes: faculdade presencial diária de Direito e estágio voluntário duas vezes por semana, ambos no Rio de Janeiro, e um cargo de 40 horas semanais, na Câmara, em Brasília.
Segundo reportagem da BBC Brasil, o filho de Jair Bolsonaro era lotado como assistente técnico de gabinete na liderança do PPB, partido pelo qual o atual presidente da República havia sido eleito para seu terceiro mandato na Câmara. Segundo as instituições, ouvidas pela BBC Brasil, todas as funções exercidas por Flávio também exigiam presença física.
O mesmo cargo comissionado foi ocupado antes por outro membro da família de Jair Bolsonaro: Ana Cristina Siqueira Valle, ex-mulher do atual presidente e que deixou o cargo uma semana antes de ser substituída por Flávio.